Dark Butterfly, trzecia odsłona Kunoichi, rozgrywa się z uwodzicielskim Ayane, wprawnym kunoichi powierzonym do infiltrowania twierdzy rywalizującego klanu.Gdy zagłębia się w szpiegostwo, uwodzenie staje się jej najgroźniejszą bronią, prowadzącą do zmysłowego spotkania, które może zagrozić jej misji.