Kunoichi'nin üçüncü taksiti olan Dark Butterfly, rakip bir klanın kalesine sızmak için emanet edilen yetenekli bir kunoichi olan büyüleyici Ayane ile açılır. Casusluk yapmaya çalışırken, baştan çıkarma onun en ölümcül silahı olur ve bu da misyonundan ödün verebilecek duygusal bir karşılaşmaya yol açar